合約船舶督導技師的主要職責包括:(a)提供漁業技術、捕魚方法、捕魚設備及漁船運作規定方面的技術支援和建議;(b)就受到海事工程及禁止拖網捕魚措施影響的漁民的特惠津貼事宜,進行船隻檢查並提供有關漁船及運作的技術建議;(c)就漁業貸款和漁業持續發展基金的申請,提供有關漁船及運作的技術建議;(d)協助協調和進行香港水域底層及中上層漁業資源調查,以及處理和分析所得數據,以評估禁止拖網捕魚措施實施後的漁業資源;以及(e)協助規劃和進行與增加漁業資源有關的其他研究。
註:合約船舶督導技師須不定時(包括晚間、周末、周日及公眾假期)在漁船上工作,進行漁業調查及船隻檢查;在漁船上通宵工作。



