合約漁農督察的主要職責包括:
- (a)就向受禁止拖網捕魚措施影響的漁民的一次過援助方案提供技術及行政支援,並執行相關職務;
- (b)執行有關漁業研究和調查及化驗分析、收集及鑑別魚類樣本、水質監測、漁業發展及技術的推廣和聯絡、漁業執法、漁民培訓、管理及運作實驗魚場、就漁業存護進行教育和宣傳的職務;
- (c)協助管理、監察及執行與海岸公園/海岸保護區及海洋護理有關的工作;以及
- (d)執行上司指派的其他職務。 <br>(註:須在新界地區工作,並須不定時工作(包括晚間及周末),在基地以外的地方通宵工作,以及有時在部門/商業漁船上/到魚場執行職務。)



